Dopo poche scene di vita familiare e allucinate visioni demoniache, all'inizio del film. È la notte del 2 ottobre 1988, quando l’esistenza della famiglia Darko viene sconvolta dalla caduta di un motore d’aereo precipitato direttamente nella camera di Donnie. Donnie, però, non è nella sua stanza: dopo un episodio di sonnambulismo, si risveglia nel campo da golf di Middlesex Virginia, destato da due giocatori, e si ritrova una strana sequenza di numeri scritta sul braccio: “28:06:42:12”.

Donnie Darko è un adolescente alle prese coi problemi dell’età: un liceale maturo, intelligente, compassionevole verso chi si trova in condizioni di disagio, ma non gode di popolarità, è introverso e soprattutto schizofrenico – in terapia psichiatrica e sotto cura farmacologica; affetto da un apparente stadio depressivo, vive con tedio l'esistenza non comprendendone il significato, ed entra spesso in contrasto con chi, con ipocrisia bigotta, vuole assolutamente dargli una visione semplicistica e felice della vita.
La famiglia di Darko è una mediocre spaccato della middle-class americana di periferia: Eddie, un padre in aperto contrasto ideologico con la figlia maggiore, Elizabeth, prossima al college, di idee progressiste e anticonformista; Rose, una madre premurosa, istruita, ma oppressa dai sensi di colpa per aver messo al mondo un figlio schizofrenico, e Samantha, la sorellina minore, ballerina del gruppo scolastico.

Donnie ritorna a casa felicemente accolto dalla famiglia, sollevata per averlo ritrovato sano e salvo, quando scopre di essere appena scampato alla morte a causa di una turbina di un Boeing precipitata dal cielo, di cui però gli ispettori della FAA non sanno spiegarsi la provenienza, in quanto non risulta staccatasi da alcun velivolo in volo al momento dell’incidente.